Produire les comptes ne suffit pas : il faut pouvoir en administrer la preuve, parfois dix ans plus tard, devant un juge, un banquier ou un vérificateur. L'article L123-22 du code de commerce impose la conservation des documents comptables et des pièces justificatives pendant dix ans, tandis que l'article L102 B du livre des procédures fiscales fixe une durée fiscale de six ans — la règle opératoire consistant toujours à retenir la durée la plus longue applicable à chaque document.
Depuis le 1er janvier 2014, toute comptabilité tenue au moyen de systèmes informatisés doit pouvoir être remise sous la forme d'un fichier des écritures comptables (FEC) normalisé à dix-huit champs obligatoires, dont le nom suit le format SIREN + FEC + AAAAMMJJ (LPF, art. L47 A-I et A47 A-1). Le défaut de présentation d'un fichier conforme est sanctionné par une amende de 5 000 € — ou 10 % des droits rappelés si ce montant est plus élevé (CGI, art. 1729 D) — et peut ouvrir la voie à une évaluation d'office des bases d'imposition.